时间如白驹过隙，不知不觉间两年就这样过去了。这两年很和平，木叶平平稳稳，期间也发生了不少事情。
小卡卡西5岁上学，然后5岁就火箭一般连跳几级毕业了，成为了一名下忍。
这个消息彻底刺激到了卡卡西的同班同学还在上学的小带土和小阿凯，两人开始更加拼命的训练，他们早就把卡卡西当成了竞争对手。
卡卡西毕业之后，野原琳则有些失落，以后上学就见不到他了。
可惜他们不知道的是，一年后6岁的卡卡西就申请中忍考核，而且通过了考核，正式成为了一名中忍，这也是继日向日月之后最年轻的中忍。这件事在木叶中、上忍之中还是引起了不小的轰动，木叶村又一个天才少年诞生了！
卡卡西的父亲旗木佐云却很担忧，他怕儿子从此骄傲自满，于是跑去向火影大人请求：等卡卡西分了班，接受上忍的指导之后，让他再参加一次中忍考试。三代询问了小卡卡西的意见后，同意了白牙的请求。
就这样，6岁的卡卡西被三代火影暂时安排给了波风水门，水门成为了卡卡西的上忍指导老师。三代让卡卡西跟着水门做做任务，水门作为一名上忍，带着卡卡西四处跑，卡卡西在任务中进步很快。
结了婚的纲手很幸福，而立之年的她成熟了一些，更加美艳动人。
这两年她在木叶医院里为木叶培养了一批医疗忍者，木叶的医疗忍者比原来可多了不少。
纲手已经学会了阴封印，并将阴封印传授给了爱人加藤断。加藤断的灵化之术需要消耗大量查克拉，能储蓄查克拉的阴封印正好解决了加藤断的短板。
经过两年时间的每天定量积累查克拉，纲手的额头上已经出现了那个菱形的标志百豪之印。
纲手的弟弟千手绳树在大蛇丸的特训下，进步也很快。绳树的土遁和水遁运用越来越熟练了。
自来也学会了螺旋丸，并和水门、日月一起，总结出了螺旋丸的系统修炼方法。即：三个阶段的水球练习、皮球练习、气球练习。这大大降低了螺旋丸的修炼难度，让更多忍者可以学习螺旋丸。
三人也各自尝试着如何改进螺旋丸，增强螺旋丸的威力。水门想加入性质变化风遁，自来也想大大增加查克拉的量，使螺旋丸的体积膨胀，日月则想把螺旋丸的原理应用到日向家的绝招上。
接着自来也去了一次妙木山，知晓了蛤蟆大仙人预言有变动的事情。预言之子的范围从他的徒弟，扩大到了三忍的弟子，而且是传说中的卯之女神的后代，这个变化让他感到很惊讶。
一年后，他再次外出云游，他要寻找这个世界的真谛和让这个世界和平的方法。顺便到处取材写写小黄书，毕竟日月给他的书投资了不少钱，出书也被他排上了日程。
大蛇丸依然很喜欢研究各种东西。他开始整天泡在研究所里，时不时还要来日月和纲手的医学研究室来看看。日月这里的好东西多，比如有关断肢再生、器官移植、保持**活性的研究成果，一直让大蛇丸垂涎三尺。他没事就找纲手要东西，日月也同意送给大蛇丸一些研究成果，心里希望大蛇丸研究归研究，不要为了追求长生不老，痴狂到舍弃一切。
不过根据日月留在日向家的间谍旺财提供的消息，志村团藏已经开始偷偷接触大蛇丸了。旺财还说，战争结束后，各个忍村的间谍活动更加频繁。整个世界看似平静，实际上依然暗流涌动。
猪鹿蝶三人做任务的成功率非常高，睿智的奈良鹿久已经成为了上忍大队的队长候选人。
油女志微的存在感还是很低，不过他收集了海量的昆虫，整天研究虫子，完全是个昆虫博士啊。
犬冢爪成为了上忍，爱犬黑丸在一次任务中成了独眼龙，不过黑丸体型变得巨大，更加彪悍了。
日向日差和日向日足两兄弟修炼很刻苦，因为老家主已经决定在这几年选定新的家主了。为了将来能担负起整个日向家的重任，他们兄弟俩也是够拼的。
日向美月和宇智波真一没事就偷偷的约会，一直在搞地下工作。不过日月能看出来关系已经确立了。日月猜测是真一先表白的，腼腆害羞的美月姐对着真一说我喜欢你，请和我交往吧！的画面，日月想想觉得不太现实。
同样的还有宇智波美琴，她遇到了她的真命天子、家族中的年轻才俊宇智波富岳，富岳沉稳而干练，两人正式开始交往了。
漩涡玖辛奈因为人柱力的原因至今没有成为上忍，不过有水门在她身旁，她已经很开心了。玖辛奈将自己的梦想托付给了水门的同时，她自己也在努力着，各种封印术她运用的更加熟练。
玖辛奈还把自己的封印术传给了日月和水门，水门学封印术很有天赋，很快学会了漩涡一族的四象封印，日月则慢着一点，还没学会，谁叫他要学很多东西呢！
日月让玖辛奈一直尝试着和九尾沟通，可惜上次九尾实在太憋屈了，对玖辛奈他们是十分仇视的态度，怎么沟通也不管用。玖辛奈想要控制九尾的力量遇到了困难。
波风水门也去了一趟妙木山，在蛤蟆二大仙人的教导下，他开始修炼仙人模式，目前已经有了一些进展。不过，比起不动的仙人模式，波风水门更喜欢随时都在移动的飞雷神之术。
他已经熟练掌握了飞雷神之术，现在水门正在尝试简化术式，把术式简化后，就可以用查克拉在