所有人以为朝廷失败一切都好过了，实际上真正的麻烦才真正开始，那些起义军的头领绝大部份的死在少林寺，但是小部份的头领都活下来，这些人能活下来就表是有过人之处，但是这些人都离开的少林寺回到领地的结果，就是战火频繁，谁也不再想武穆遗书，而是想占领土地好好享福，而那些负责留守在又在争权夺利，所以石巫在旁边看这一切，石巫心想反正都战火频繁了，还是回去享福吧，石巫继续修炼，拿到各个门派的内功修行之法，自然是复制复制再复制，但是石巫却不能修行，因为修行会定下基础，有基础就会有限制，有限制就会有麻烦。
内功有注意的事项，第一个就是内功的属性，每个内功都有属性，只是属性是什麽而以，阳属性功法碰到阴属性功法有时候会无缘无故产生厌恶感，阴阳五行再加上特殊属性，大致可分为阴阳金木水火土光暗毒雷风冰无等属性，其中以无最为温和也被称为最没用的也最没特性的属性，但是世人不知无属性有两项最好的特性，第一个特性包容，其他属性可以在无属性之内相互兼容，第二个特性消磨护身，当人将无属性练至笼罩全身之时，之後修行其他属性，不太受其他属性的影响，身体不会因为其他属性的侵持後，怕遇到相克属性的环境，也不会因为修练的属性影响心智，但是无属性修炼的时候，比其他属性弱且比其他属性还没有突出性，所以天下之人都练其他属性的居多，但是练火属性的内功脾气会越来越暴躁，练阴属性易受环境精神越来越异常的影响，练阳属性又易出问题，轻则走火入魔，重则短命。
故石巫修炼自然以无属性开端，然後选一个最杂的内功为基础，之後再以阴阳属性的内功并副修两仪内功的功法以此为低阶，在之後修炼九阴九阳与纯阴纯阳等属性内功功法并副修两仪内功的功法与太级内功的功法以此为中阶，再之後九阴与九阳各找金木水火土风雷冰属性的功法再加上九阳找光属性，九阴找暗属性各凑其九种，用九阳内力驱动修行金木水火土风雷冰光九种属性的功法，以及用九阴内力驱动修行金木水火土风雷冰暗九种属性的功法以此为高阶，在之後修行四象内功的功法引导九阴九阳各种属性形地水火风四种属性内力，然後再修行五行内功的功法引导地水火风属性内力形成金木水火土五种属性内功，接下来六合、七星、八卦、九宫、十绝等内功的功法以此为顶阶，然後由十归九、由九归八、由八归七、由七归六、由六归五、由五归四、由四归三、由三归二、由二归一、由一归混元、由混元归无(归无属性内功不是化为虚无)以此为返璞归真。
但是修行内功是不能出问题的，否则麻烦特多，再加上石巫的内力还没有扩散全身，不能修行其他内功，更重要的是能当皇帝的人，没有一个好东西，也就是说明教中人又被人追杀不是六大门派，而是被起义军追杀，不过有一点就是为什麽朱元璋要找石巫呢，还好新的地方起义军不会来，但是朱元璋以石巫的想法，最好有多远就离朱元璋多远，因为能当起义军的头头跟皇帝一样，也没一个是好东西，朱元璋在找明教之人，但是没有用，因为明教之人大多是去拯救灾民，而不管天下的主人是谁，要想明教的人出手帮起义军是不可能的事情，因为起义军有多麽坏，明教之人在拯救灾民的时候就知道一切了，所以杨逍他们始终贯彻止拯救灾民的教义，并且杨逍他们再修改教义，不过杨逍说朱元璋想找石巫做军师，可惜石巫在新的光明顶里面练功，虽然全都是基础倒是到老一场空，但是石巫回杨逍他们，武功再高有什麽用，一只军队就能杀光我等，所以练功最终的目标就是养身护体，养身活得久，护体不受伤害，这不就是很多人的梦想吗，有些人最初只是想让自己不受到伤害，开始争权夺利到最後自己一身伤，把别人也弄得一身伤，仇恨难以化解，有些人可以退出，有些人不能退出，因为退出自己的子孙後代就全死光了。
到最後朱元璋还是找到石巫，不过那是十年以後的事情。
石巫:请问有什麽事吗?
朱元璋:元璋想请先生出山助我成就霸业。
石巫:你自己不是就能成就霸业，怎麽还需要我。
朱元璋:我原本以为不用，但是以现在的明教，还是请先生出山助我推翻元廷。
石巫:自己解决，现在明教的教义以拯救灾民为主，至於王朝霸业还是算了吧，至於我在山中住得好好的，也懒的出去，不过估计这麽说是没用的，你还是找张无忌跟我说吧，至於你我没什麽交情，我没有义务帮你成就霸业，再说有没有我你都能成就霸业，多我一个不多，少我一个不少。
朱元璋:张教主一时难以寻找，所以请先生先到舍下居住，等找到张教主再行打算吧。
石巫:那你还是回去吧。
朱元璋:你应该知道此次拒绝会有什麽後果，为什麽还拒绝?
石巫:因为我知道天下一统之前，你不敢动明教的人，天下一统之後你还是无法动明教的人，所以出不出仕又有什麽关系。
朱元璋:麻烦说实话吧，到底是什麽原因，才不出世的。
石巫:天下皇帝没有一个是好东西，你也不例外。
朱元璋:为什麽天下皇帝都不是好东西?
石巫:以後你会知道为什麽，现在不说省的说太多惹麻烦，还有请