光绪三十一年的七月下旬，平静了不到五个月的广西境内再次风起云涌。桂林城中的广西巡抚李经曦和广西布政使张鸣岐感觉到是焦头烂额。进入七月下旬，头疼的事情是一件接一件。
七月十八，思恩府知府和延彪发来急报，右江道台龙济光在距离百色四十里的老村隘被伏击杀害，凶手不得而知。
七月二十二，忠字营督带王纯良发来急报，驻守百色的龙济光部下，济字左三营督带马存发带兵作乱，在百色城大开杀戒，死伤百姓无数，包括右江镇总兵黄忠立，百色知县王绍文，济字右三营督带段尔源三位官员一同遇害。
七月二十五日，思恩知府和延彪再报，济字营马存发率叛军攻占了下旺司，杀死土司头领韦德龙，将下旺司洗劫一空，现正杀向思恩府城而来。
自打张鸣岐就任广西布政使之后，两广总督岑春煊就返回了广东，将广西治理的事情就交给李经曦和张鸣岐了。可是他这走了才不到一个月，广西治下竟然又出现了这么大的动荡。这让李张两人都感到惭愧。当急报一封封飞来，李经曦和张鸣岐也立即展开了应对措施，争取将事态的影响压到最小的范围。
马存发现在是已经走上绝路没得选择，只能学之前的陆亚发一条道走到黑了。在血洗百色后，他召集了部下主要营官商议了一下日后的去路。部下们的意思大多希望回去云南老家，但是马存发咽不下被冤枉的这口恶气，他对部下说道“不把我们身上蒙受的不白之冤洗刷干净，我们就是回了云南也没立足之地，所以必须先去府城将颜启汉那王八蛋抓住，证明我们的清白”。
属下们觉得马存发说的也有道理，于是在百色休整两天后，他们就杀奔府城而来。由于段尔源部溃散的兵勇一路宣传，所以从百色到府城的沿途土司都知道马存发叛乱了，于是他们也都加强了戒备。当马存发率军到达下旺司时，他向当地的土司头领韦德龙索要补给，结果遭到了拒绝，马存发大怒，感到所有人都在针对他，于是命令手下将下旺司进行了血洗，将韦德龙的家财抢了个干干净净。之后他干脆一路抢杀过去，将沿途的定罗司，那马司等土司头领全杀了。之后兵临府城城下。沿途也有不少本地会党，看到马存发举兵起事，想跟着入伙，但马存发这人还是挺有骨气，他根本看不起这些所谓的会党，现在就算自己身陷囹圄，也不愿意和这些人走到一起，对于前来投奔的会党他一律赶走根本不与接受。
王纯良知道自己不是马存发的对手，于是早早的就带着手下退入到府城之内，想凭借城池险固来个坚守，等待朝廷的救兵前来。朝廷的援兵确实也来的很快，广西提督丁槐得到李经曦的命令，迅速的带着部下三千余人从南宁府的宣化赶来帮忙了。
马存发料到王纯良不敢和他在野外来对攻战，肯定会躲进府城。他是想一鼓作气直接攻下府城，将躲在城内的颜启汉抓出来，当然顺带也可以将王纯良这个老冤家一起收拾。没想到丁槐赶来的速度实在太快，与至于两部兵马几乎是同时抵达了府城之下。得到这个消息后马存发知道不将丁槐赶走，这府城是没法打的。虽然他手下人数没有丁槐多，但是他对击败丁槐那是信心满满。
马存发虽然头脑简单，但是打仗却很有一套，作战十分的勇敢，善于捕捉战机，要不然也不会深得龙济光的**爱。七月二十七日，他带着手下抵达府城之后，听说丁槐带着人也来了，于是立即乘着丁槐立足未稳发动进攻。丁槐也是一路打出来的将领，从贵州到云南，再到广西，一路下来基本没停过剿匪作战，他这次带来的手下五营兵勇，也都是之前在南宁府和王和顺经过血战的。只是他没想到马存发这么不讲理，二话不说就开打，连自己喘口气的机会都不给。
马存发的手下是久经剿匪作战的滇军精锐，加上装备精良，特别是那二十挺哈乞开斯重机枪，火力实在是太强悍了，将丁槐的部下打的连头都抬不起。但是丁槐带来的不是一点人，而是三千多人，虽然前部被马存发冲散，但是后面的兵勇在丁槐的组织下，也是竭力的进行抵抗，双方很快就胶着在一起。
马存发有机枪，丁槐手里有炮，广西境内只有他的提督衙门亲兵装备有格鲁森快炮和过山炮二十多门，只是战斗一打响两军就绞杀在一起，炮兵们根本不敢开跑，怕误炸了自己人。
府城城头之上，王纯良和颜启汉也看到了城外的战况，数千人混战在一起，场面不是一般的壮观。颜启汉看到马存发部不要命的向丁槐发起进攻，于是劝说王纯良抓住这个机会，带忠字营出城去夹击，但是王纯良却默不作声，这让颜启汉感到很失望。他知道如果失去了这个机会，马存发一旦将丁槐击溃，那么府城绝对保不住。于是颜启汉立即下令城楼，回到城内招呼了自己仅剩的两名部下，先期出城往柳州逃去。
战斗持续了一个下午，疲惫的丁槐部最终还是没能顶住马存发亡命式的进攻，在损失了上千人后，丁槐一看再打下去就得全军都交代在这里，只好趁着夜色带着手下先撤退，但是由于没有联络好，导致炮兵分队落在了后面。结果马存发小追了一段路，就将丁槐的炮兵分队连人带炮给俘虏了。
取得意外收获的马存发也不追了，而是调转头来连夜攻城。他这次是豁出去了，连让部下休息的时间