妖族自上次大战以来，损兵折将，天皇只觉颜面无光，也要寻法，增强妖族实力，誓要于下一次战争夺得主动。此时人族与妖族之间得摩擦也从未间断过，帝俊无意间思及那人族血肉魂魄似能增强妖怪实力，只觉颇为奇特，遂定下心思研究了一番，果然被其发现了些许门道，原来人族先天道体，三魂七魄，不仅有利于妖族修炼，若使人族血肉魂魄炼制兵器，竟能伤的大巫之体。帝俊有此发现，大喜不已，居然想要借用人族之身体魂魄炼制一件利器，专克巫族。
天皇行事，也是雷厉风行，就欲命令众妖，下了天庭，杀戮众生，只因人族为女娲娘娘所造，颇为顾忌，与东皇太一商量一二，就欲往娲皇宫一行，娘娘为圣人，怎不知他二人所想，行事又尊天数，也无甚阻止，只道人族不当灭绝，二位妖皇领了圣人旨意，遂大胆行事，当下点了兵将，直奔人族。却不知量劫主角怎敌天道主角，自取灭亡之路也。
此时人族虽得发展多时，人口众多，却又怎是妖族对手，面对妖族屠戮，不能不抵抗，只部分人族与巫族邻近，或得庇护一二。妖族行事，洪荒诸多大能怎能不知，却有事不关己高高挂起之心态，多不愿与妖族为敌，只因妖族此时为量劫主角，不可匹敌。昆仑山上盘古三清却要有所动作，却是明了天机，人族若要发展，非得经此一劫不可，也有不破不立之意，也是众人成圣之机缘，当下领了徒儿，执了法宝，就往山下一行。
此时大陆之上，人族反抗妖族无道之行，上演了一幕幕可歌可泣的故事，奈何实力悬殊，损失惨重，人族亦有大能，得悟非凡，神通不小，也被打得节节败退，见了人族惨状，大怒发誓曰：“从此以后，有人无妖，有妖无人，人族与妖族势不两立，不共戴天！”众人一心，天道感应，当下应誓。帝俊与太一大惊，当下就要灭绝人族，以绝后患。
正在此时，有一部分人族得老子太极图笼罩，有五色毫光出，众妖破之不得，有一部分人族为盘古幡所救，所触之妖都为齑粉，有一部分人族为大阵保护，正是诛仙剑阵，妖族不得其门而入。帝俊太一虽强，又怎是众人敌手，也不愿得罪未来天道圣人，正好所得之物已足够，只能退兵。此次人族得此劫难，竟是女娲娘娘默许，未见娘娘出手，人族心中着实伤心，以致娘娘声望都有所下降，实是得不偿失。劫难过后，人族暗自休养生息。三清也不回昆仑山，只在人族落脚，帮忙恢复生产，同时默默体验天道所钟之主角与众不同之处，为立下大教做些许准备。
众妖回退天庭，二位妖皇使了法术，日夜祭炼，得一剑状法宝，锋利非常，天皇大喜，名之曰屠巫剑，只待剑成，便要以之屠戮众巫，一统洪荒，证道混元。
盘古三清自救下人族以后，生活一起，也得见识人族万物灵长之特殊，实是集天地之灵气，日月之精华于一体，最难得乃是智慧通玄，灵气十足，乃是传承道统最佳之选。也只有人族之智慧精神，方能演化天道轮回运转，上演一幕幕悲欢离合，得未来种种之无穷变化。三清得了诸多领悟，却是圣位都与天地众生有因果，也有教化众生之责，岂能独善其身，于是立教证道便在此时！
只见天地之间忽然金花乱坠，地涌金莲，威压阵阵，有太上老子之身形凭空显现空中，开口道：“我为盘古太清老子，今立一教，名曰‘人’，以太极图镇压人教气运，人教立，从此我为太清道德天尊。”当下有立教之功德落下，引发盘古开天功德，沟通鸿蒙紫气，混元道果，立地成圣。众生无不感应，当下跪拜圣人至尊。
又有玉清元始身形显现，也开口道：“我为盘古玉清元始，今立一教，名曰‘阐’，以盘古幡镇压阐教气运，阐教立，从此我为玉清元始天尊。”也为圣人，众生又自跪拜不提。
上清通天也自不落后，也开口道：“我为盘古上清通天，今立一教，名曰‘截’，以诛仙剑阵镇压截教气运，截教立，从此我为上清灵宝天尊。”众生三拜圣人至尊！
却是人阐截三教并立，正合道祖所言，天道轮回，三生万物，教化众生。此时三圣归位，更有天地为之庆贺，一时间冲淡量劫之煞气，天地为之一清。三清圣位既得，也有不同，老子为玄门正宗，道祖嫡传，斩三尸之道最为精通，正是一气化三清；元始为盘古正宗，修元始天王，开天辟地，不在话下；通天另辟蹊径，欲要得盘古肉身神通，此时只有诛仙大帝化身无敌。三教教义也自不同，老子人教，与人族气运相连，无有始终，绵绵不绝；元始阐教，暗合天地至理，天地君亲师，大道在握；通天截教，虽是有教无类，却要为众生谋得一线生机，岂是易事，日后少不得也有劫难。
三清立下大教，证道成圣，当下都回昆仑山，只传言于众生，欲要讲道昆仑，为众生解惑，指点迷津，同时或收徒一二，传承道统，静待有缘。
三清成圣，众人都有心思，那妖族二皇愈发觉得时间紧迫，不成圣，终为蝼蚁的压力如利剑悬顶，也暗中谋划，只待巫妖二族最终决战，寻那一线生机。巫族虽不修元神，肉身无敌，也知圣人威严，不可忤逆。女娲娘娘到是无妨，毕竟早证圣道，知晓未来一二变化，那西方二位却是心有所想，也要有所行动，余下诸多洪荒大能，紫霄宫中听道的道友也都愈发谨慎，却