张玉、朱能率兵冲出王府，擒捉包围燕王府的官兵，而那些官兵听说张昺、谢贵被杀，早就四散逃命去了。随即张玉和朱能率兵攻夺北平城的九个城门。
经过一夜的激战，至七月初五黎明，北平九门皆被攻下。整个北平城完全处于燕王朱棣的控制之中。
燕王一面发布告安民，一面上书建文帝。他援引太祖朱元璋的《皇明祖训》：如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。
他说齐泰和黄子澄是建文帝身边的奸臣，需要铲除，自己发兵是为国“靖难”（意为平定祸难）。长达三年的“靖难之役”由此拉开序幕。
经过数十次会战，燕军实力大增。
建文四年六月十三（1402年7月13日），燕军攻抵南京城下，朝廷上下十分震惊。左都督徐增寿（开国功臣徐达幼子）守卫左顺门，他谋求做内应，打算开城门归降燕王，被人发觉后上奏建文帝，建文帝派人将其押至廷前，亲手挥剑将其处死。守卫金川门的谷王朱橞和李景隆见大势已去，就打开城门，迎接燕军入城。
建文帝朱允炆听说朱橞和李景隆叛变，燕军进了城，不由得长叹一声，拔剑就要自尽，被一旁的大臣和太监死死拦住。
翰林院编修程济道：“皇上，与其死，不如出亡！”
这时，一个叫王钺的老太监哭着下跪奏道：“启禀万岁爷，昔时太祖未升遐之时，交给奴才一只筪子，吩咐奴才仔细收藏，非到万岁爷大难临头、万不得已，不得出示。奴才将其收藏在奉先殿。今见大难将至，故而奏知。”
建文帝尚未说话，群臣齐道：“快快取来！”
过了一小会儿，王钺带着两个小太监抬来一只朱漆筪子。只见筪子四周俱用铁皮加固，筪口上了两把锁，锁眼亦用铁汁浇铸。程济忙取来铁棒将锁砸开，打开筪子。里面有僧人的度牒三张，一名应文，一名应能，一名应贤；袈裟三套，僧帽三顶，僧鞋三双；剃刀一把，白金十锭。另有朱笔书信一封，上写：“应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房。”建文帝看罢，大哭，道：“命数也。”于是下命放火焚宫。
一时火起，宫内一片大乱。程济为建文帝剃发，吴王教授杨应能、监察御史叶希贤愿随建文帝出亡，也剃了发。随后各自更换衣物、带上度牒。大殿内五、六十人痛哭仆地，都要跟着出亡。建文帝道：“人多不便于出亡，况且大家各有牵挂，还是各自从便吧。”
杨应能、叶希贤等十三人从水关御沟出，建文帝带领程济、兵部侍郎廖平、侍读史仲彬等九人走鬼门，廖平怀中抱着太子朱文奎，马皇后不愿意走，她派人四处找小皇子朱文圭还没找到。大火熊熊燃烧，朱文奎转身喊他的娘亲，可他的娘亲却终身纵身跳入了火海……
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