同时朱由检大力清除阉党。天启七年十一月，朱由检抓准时机铲除了魏忠贤的羽翼，使魏忠贤处于孤立无援的境地，然后一纸诏书，贬魏忠贤凤阳守陵，旋之下令逮治。在其自缢而死后，下令磔尸于河间。[7]此后，将阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。平反冤狱，重新启用天启年间被罢黜的官员。起用袁崇焕为兵部尚书，赐予尚方宝剑，托付他收复全辽的重任。[8]
亡国之象
大旱不断
自崇祯元年（1628年）起，中国北方大旱，[9]赤地千里，寸草不生，《汉南续郡志》记，“崇祯元年，全陕天赤如血。五年大饥，六年大水，七年秋蝗、大饥，八年九月西乡旱，略阳水涝，民舍全没。九年旱蝗，十年秋禾全无，十一年夏飞蝗蔽天……十三年大旱……十四年旱”。崇祯朝以来，陕西年年有大旱，百姓多流离失所。崇祯二年五月正式议裁陕北驿站，驿站兵士李自成失业。崇祯三年（1630年）陕西又大饥，陕西巡按马懋才在《备陈大饥疏》上说百姓争食山中的蓬草，蓬草吃完，剥树皮吃，树皮吃完，只能吃观音土，最后腹胀而死，[10]崇祯六年，“全陕旱蝗，耀州、澄城县一带，百姓死亡过半”。
崇祯七年，家住河南的前兵部尚书吕维祺上书朝廷：“盖数年来，臣乡无岁不苦荒，无月不苦兵，无日不苦挽输。庚午（崇祯三年）旱；辛未旱；壬申大旱。野无青草，十室九空。……村无吠犬，尚敲催征之门；树有啼鹃，尽洒鞭扑之血。黄埃赤地，乡乡几断人烟；白骨青磷，夜夜似闻鬼哭。欲使穷民之不化为盗，不可得也”。旱灾又引起蝗灾，使得灾情更加扩大。河南于崇祯十年、十一年、十二年、十三年皆有蝗旱，“人相食，草木俱尽，土寇并起”，其饥民多从“闯王”李自成。崇祯十三、十四年，“南北俱大荒……死人弃孩，盈河塞路。”
瘟疫爆发
崇祯十四年，左懋第督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”[11]保定巡抚徐标被召入京时说：“臣自江推来数千里，见城陷处固荡然一空，即有完城，亦仅余四壁城隍，物力已尽，蹂躏无余，蓬蒿满路，鸡犬无音，未遇一耕者，成何世界!”这时华北各省又疫疾大起，朝发夕死。“至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”，[12]
崇祯十四年七月，疫疾从河北地区传染至北京，病名叫“疙瘩病”，崇祯十六年，北京人口死亡近四成，[13]十室九空。
崇祯十六年八月，天津爆发肺鼠疫：“上天降灾，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。”[14]
崇祯十七年，天津督理军务骆养性说，“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”
江南在崇祯十三年遭大水，崇祯十四年有旱蝗并灾，十五年持续发生旱灾和流行大疫。地方社会处在了十分脆弱的状态，盗匪与流民并起，各地民变不断爆发。[6]
内忧外患
主词条:明末农民战争、皇太极
为剿流寇，朱由检先用杨鹤主抚，后用洪承畴，再用曹文诏，再用陈奇瑜，复用洪承畴，再用卢象升，再用杨嗣昌，再用熊文灿，又用杨嗣昌，十三年中频繁更换围闯军的将领。这其中除熊文灿外，其他都表现出了出色的才干。然用人存疑，以至责无成效皆功亏一篑。李自成数次大难不死，后往河南聚众发展。[8]
此时北方皇太极又不断骚扰入侵，明廷苦于两线作战，每年的军费“三饷”开支高达两千万两以上，国家财政早已入不敷出，缺饷的情况普遍，常导致明军内部骚乱哗变。朱由检求治心切，《春明梦余录》记述：“崇祯二年十一月，以司礼监太监沈良住提督九门及皇城门，以司礼监太监李凤翔总督忠勇营”；[15]中后金反间计，自毁长城，冤杀袁崇焕。[16]
随着局势的日益严峻，朱由检的滥杀也日趋严重，[17]总督中被诛者七人，[18]巡抚被戮者十一人。[19]朱由检亦知不能两面作战，私底下同意议和。但明朝士大夫鉴于南宋的教训，皆以为与满人和谈为耻。因此朱由检对于和议之事，始终左右为难，他暗中同意杨嗣昌的议和主张，但一旁的卢象升立即告诉皇帝说：“陛下命臣督师，臣只知战斗而已！”，朱由检只能辩称根本就没有议和之事，卢象升最后战死沙场。明朝末年就在和战两难之间，走入灭亡之途。[20]
崇祯十五年（1642年），松山、锦州失守，洪承畴降清，朱由检又想和满清议和，兵部尚书陈新甲因泄漏议和之事被处死，与清兵最后议和的机会也破灭了。崇祯十七年（1644年）明王朝面临灭顶之灾，朱由检召见阁臣时悲叹道：“吾非亡国之君，汝皆亡国之臣。吾待士亦不薄，今日至此，群臣何无一人相从？”在陈演、光时亨等反对之下未能下决心迁都南京。[21－22]
逝世
煤山殉国
主词条:甲申国难、清军入关
崇祯帝自缢之处
崇祯帝自缢之处
崇祯十六年正月，李自成部克襄阳、荆州、德安、承天等府，张献忠部陷蕲州，明将左良玉逃至安