永禄三年，七月五日，深夜。就在时任征夷大将军、从三位参议兼任左近卫中将足利义辉于二条御所遭到三好三人众与松永久通等人的袭击身亡。就在足利义辉于二条御所遇害后不久，三好三人众与松永久通等人便火速派遣平田尾张守率数人前往距离二条御所最近的京都鹿苑寺，意图将足利义辉之弟周暠（周高）杀害。同时，三好三人众与松永久通等人则是立即动身率军前往奈良兴福寺，意图将足利义辉三弟觉庆（时任奈良兴福寺权少僧都）杀害。
对于三好三人众、松永久通、足利义荣等人来说，足利义辉的亲弟弟周暠和觉庆二人的存在无疑是一种无形的威胁，故而三好三人众与松永久通等人意图一举将堀越公方系的足利将军家断绝血脉，好让足利义荣能够顺利继任征夷大将军并且坐稳将军之位。
然而，侥幸存活下来的足利义辉侧近细川藤孝（细川元常养子、三渊晴员次男）并不想让三好三人众与松永久通等人就此得逞，随即联合大觉寺义俊（近卫尚通之子）、米田求政（足利将军家侍医）、石谷光政（足利义辉家臣、御小袖御番众）、松田赖隆（足利义辉麾下奉行众之一）、和田维政（甲贺油日豪族、伊贺众）等人将觉庆从奈良兴福寺救出，并且藏身于近江六角家一门众和田惟政的居城和田城内。
觉庆试图替兄长足利义辉完成没有完成的梦想——再兴堀越公方系足利将军家的威权，他于八月十五日正式还俗，并且更名为足利义秋。在近江守护六角义治（永禄二年，其父六角义贤隐居后继任六角家家督）、伊贺国守护仁木义政、和田维政、朽木藤纲（御部屋众）等人的斡旋下，足利义秋叙任从五位下左马头。
随后，足利义秋便先后向占据东国十七国（加贺、能登、越中、越后、佐渡、安房、上总、下总、上野、下野、常陆、武藏、相模、岩代、磐城、陆前、陆中）的上杉家、占据骏远三甲信飞等地的武田家、占据南九州的岛津家、占据越前的朝仓家、占据若狭的武田家、占据南近江的六角家、占据北近江的浅井家等有力大名发出请求援助的书信，并且号召各地大名支持自己继任征夷大将军一职。除了若狭武田家、朝仓家、浅井家、六角家等京畿大名外，上杉家、武田家、岛津家、长宗我部家等大名距离京都甚远，而去各自的近邻都存在强敌，自顾尚且不暇，更加谈不上对足利义秋的出兵援助。但是，京畿一带的大名大都兵少示弱，根本不足以依靠。
此后，虽然足利义秋与诸大名的使者常有往来，但是通往和田城的道路非常狭窄，交通非常不便，故而足利义秋决定将御所移至琵琶湖附近的矢岛。
然而细川藤孝、大觉寺义俊、和田维政、石谷光政等人拼尽全力也只救出了足利义秋一人，而周暠则是被平田和泉守以‘京公方于二条御所举办连歌会为由’骗出京都鹿苑寺，于纸屋川边被害。
大馆辉光、一色辉清等原足利义辉侧近众在得知足利义辉于二条御所遇害后，为了保住家名和自己的领地，他们便主动出仕三好三人众、松永久通等人所准备拥立的新将军——足利义荣。不仅如此，畠山伊豆守、畠山孙六郎、畠山维广、细川骏河入道、荒川三郎等京畿各地的幕府奉公众们皆先后拥立足利义荣为征夷大将军候补。
而上泉秀纲、疋田景兼等人护送足利义辉的御台所近卫氏进入近卫府邸后便迅速进入坂本城告知明智光秀，三好家起兵谋反攻打二条御所，足利义辉于二条御所遇害，上百奉公众武士战死。
明智光秀此时此刻仅仅征召到一千五百余军势，只好暂时先固守领内并且联络丹后的国人领主们，并且派遣义弟明智三右卫门火速沿北陆道前往春日山城和河越城两地，向谦信和朝定告知现任将军足利义辉被三好家袭击杀害的消息。
不过，就在足利义秋寻求京畿以及远国各大势力的协助之时，分别占据近江南部和北部的六角家与浅井家却在近江野良田展开大战。浅井贤政率军一万一千在宇曾川对阵六角义贤所率的两万五千大军。
浅井贤政在与六角家展开大战之前便将正室平井定武之女离缘并且送回六角领，同时正式迎娶织田信长庶妹织田市为正室，还将之前六角义贤所赐的‘贤’字放弃，更名为浅井长政。
六角军虽然兵力多于浅井军，但是其内部并不稳定，导致了浅井长政轻轻松松将对六角家抱有不满的肥田城城主高野濑秀隆寝反。肥田城作为六角家本据观音寺城北方的支城，还扼守着两万五千余六角军的退路和粮道之上，六角义贤、六角义治父子二人为了消除后顾之忧不得不先在敌军阵前分兵返回包围肥田城，并且对肥田城展开水攻。
六角义治火速下令当地领民在肥田城的周围修筑一道堤坝，将肥田城南北两侧的爱知川和宇曾川的河水水引入堤坝内，打算用水攻困死被浅井长政寝反的高野濑秀隆。
然而，水攻确实对肥田城起效了，肥田城内受到了不小的伤害，仅有二之丸和本丸的部分高地没有被水浸泡外，其余大部分地区被淹没。高野濑秀隆虽然已经被六角军逼到了绝路之上，但是他非常清楚眼下一旦就此向六角军投降，那么等待自己和一族的绝对会是死路一条。故而高野濑秀隆决定继续在肥田城内笼城顽强抵抗。
就在高野濑秀隆继续顽强抵抗的