众人骑上马飞驰而去，待清军发觉，却是追赶不及。经过一处村镇时，遇到一队清军。张煌言取出弓箭，连续射杀三四个清兵，带领葛明等八人奋勇杀出重围，但损失了六名士兵。众人避开大路，专走乡间小路，晓宿夜行，抵达上虞县平冈寨，树起义旗抗清。以刘翼明、陈天枢的义军为主，招兵买马，屯田据守，并配合大兰山王翊部义军作战。
四明山上驻有多股武装队伍，军纪参差不齐，有的山寨时常劫掠扰民。而杖锡寺山寨却因黄宗羲外出，寨丁们不遵守军纪，出山抢掠村庄。山民们被激怒，趁着山寨防守空虚，深夜潜入山寨纵火，烧毁了全部房舍。黄宗羲大失所望，无心再建山寨，回到家乡潜居。后又因清兵缉拿，急忙避居化安山。
张煌言以此为戒，严明军纪，根据田亩征税，深得当地民众拥护，队伍日益壮大。又过些时日，传来渡海明军将士的消息。原来在海上遭遇飓风后，大部分将士见中军战船沉没，皆返回舟山。张名振落水后，抱着帆桅飘到岸上，被一个僧人所救，又找了条小船，回到舟山。沈廷扬与十多名将士登岸后，无人肯投降，皆壮烈殉国。黄毓祺抱着木板飘到一处偏僻海岸，又逃亡至泰州，躲藏在寺庙中，不幸被清军抓捕。他坚贞不屈，被押送于南京，病死于监狱中。
得知张名振安全返回舟山，张煌言心下甚感安慰，立即派人送信，讲了在四明山招兵抗清的打算。葛明亦写了封信，托人捎给戚玉。张煌言又派人到松江，打听吴胜兆举事的情况，结果甚是令人沮丧。
原来吴胜兆收到密信和银印后，即令戴之俊草拟“恢复中兴条约”，然后布置起义事宜。可是他不知道明军船队遭遇飓风，主力已返回舟山，仍按原定计划举事。副将詹世勋等人得知舟山明军遭遇海难的消息后，反戈一击，杀死戴之俊、吴著等人，逮捕吴胜兆解送南京处死。
洪承畴担心再有民众起义，立即派遣操江总督陈锦、南京提督巴山，统兵前往苏州、松江镇守。二十二日，陈锦、巴山率领清军到达苏州，先是清剿太湖义军，接着在松江、苏州、太仓等地大肆搜捕抗清义士。
江宁巡抚土国宝见机会难得，趁势下手，疯狂镇压对清廷不满的士绅。有品行不端之徒贪图赏银，或是为了报仇，便借机向官府密报诬陷。江南掀起了血雨腥风，大批仁人志士被清军抓捕杀害。有人密告陈子龙还俗蓄发，并且与舟山明军相通，说吴胜兆举事是他一手策划。土国宝得知消息后，如获至宝，立即派兵缉拿陈子龙。
五月初，陈子龙在吴县被捕。清军进行审讯时，他头戴方巾，身穿儒衫，神情镇定自若，傲然而立。总督陈锦问道：“你在贼寇里任何官职？”陈子龙骄傲地说道：“我乃崇祯朝廷兵科给事中也！”陈锦又问道：“你为何不剃发结辫？”陈子龙道：“吾惟留此发，以见先帝于地下也。”接着又问了些抗清义士的问题，陈子龙大义凛然，拒不回答。陈锦只好将陈子龙关押起来，派兵严加看守。
五月十三日，陈锦派出一百多个清兵，分乘五条大船，押送陈子龙前往南京。途中，清军看守甚严，把他押在中间船上，并且给他披枷戴索。陈子龙自知此行断然不可偷生，抱定必死之心。站在船上，看着家乡的水土渐渐远去，心中倍感留恋。想起为国为民的壮举，不由得心潮起伏，面露微笑，深以为自豪，自己无愧于养育过的这片土地。
船行至跨塘桥时，陈子龙睹物思人，心头一紧，想起了深深相爱过的柳如是，顿感惭愧内疚。恍惚间，似是又回到七年前，往事一幕幕浮现在眼前。那时，陈子龙风华正茂，为了拯救衰败的国运，毅然放弃欲绝仕宦的打算，准备离家进入官场，报效国家。柳如是因与陈子龙的夫人有矛盾，亦准备离开陈家，去过自由自在的生活。
二人满怀离恨别愁，登上了跨塘桥，双手相执，相向而泣。柳如是柔情似水，赋诗一首，情意绵绵。陈子龙听罢，泪如雨下，抱紧柳如是，难舍难分。柳如是啜泣道：“子龙哥哥，女弟走了！”推开陈子龙，坚定地向前走去。陈子龙站在桥上，看着柳如是愈来愈远的背影，张了张嘴，没有说话。直到看不见柳如是的身影，陈子龙方才抱着石栏杆，呜咽着痛哭流涕，留下了终生不可挽回的悔恨。
天空变得阴霾，冷风吹过，下起了淅淅沥沥的小雨，顿时水雾弥漫，跨塘桥变得模糊不清。回想起往事，陈子龙流下了眼泪，似是看到柳如是站在桥上，正依依不舍地看着自己。他不忍心再抬头看这座留下无限遗憾的小桥，低头看着流淌的河水，随即又想起为国尽忠的老友夏允彝。当时，陈子龙想与夏允彝共同殉国，但夏允彝以母妻托付于他，况且他还要赡养九十岁老祖母，故剃发为僧，隐匿于乡间。看着浑浊的河水，陈子龙舒了口气，有种解脱感，自己终于要和老友夏允彝在冥间相会。
船行驶到桥下时，天空划数道闪电，雷鸣声随后隐约响起。陈子龙抹了把脸上的雨水，抬头望着苍天，但见乌云翻滚，变换着各种形态，犬牙交错，恰似进行一场生死大战。此时，他又想起了抗击清军的时日，浴血奋战，誓死抗争。得意弟子夏完淳大才豪气，忠贞热血，虽经多次失败，可抗清之志愈加坚定。陈子龙想到抗清事业后继有人，忍不住纵声长笑。清兵们惶惶然，不