台湾与厦门一水之隔，中间是澎湖列岛。明朝在澎湖设巡检司，巡逻查缉罪犯，并兼办盐课。天启四年，荷兰人入侵台湾，在台湾西南部大员岛东岸修建热兰遮城，又在赤嵌筑普罗民遮城，亦称赤嵌城。荷兰人强迫台湾民众缴纳租税，掠夺台湾的米糖等特产，抓捕百姓贩卖到巴达维亚去当奴隶。岛上汉人及番人受压迫过甚，曾发动起义，遭到荷兰人血腥镇压。
诸将舍不得离开故土，对收取台湾心存疑虑，大将吴豪、黄廷等人更是反对出兵台湾，只有建威伯马信、参军陈永华、协理五军戎政杨朝栋支持收取台湾。张煌言闻讯后，担心郑成功偏隅于台湾，远离抗清前线，无意兴复大明，急忙写了封信函，词多激切，劝郑成功卷土重来，反攻大陆。郑成功一言为定，决定兴师复台，以长子郑经驻兵厦门，使陈永华、洪旭等人辅之。又安排南澳、铜山、金门等处防御后，便开始储备粮饷，练兵造船，侦察敌情，做好征台的准备事宜。
荷兰人得知郑成功要收复台湾的消息后，立即戒严全岛，由巴达维亚向台湾增兵六百人、舰船十二艘，使在台湾的总兵力达到二千八百人。并且增修和加固城堡，储备了大量粮食、武器弹药及其他军资，仅火药就达三万磅。为了阻止郑军登陆，荷军总督揆一坐镇热兰遮城，统兵一千八百人；荷军司令官描难实叮防守赤嵌城，统兵五百人。又以五百兵士镇守其他城堡和港口，再沉船鹿耳门，堵塞航道。
二月，郑成功得到消息，顺治帝正月初七驾崩，遗诏传位于六岁的爱新觉罗?玄烨，指派索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。协理戎政杨朝栋禀道：“清虏新君初立，朝政不稳，各地军队不敢轻举妄动，此是藩主取台良机。”郑成功闻言大喜，即向将领们询问出兵计策。
参军陈永华道：“台湾大员港航道口宽水深，但敌舰密布台江，炮台林立，不易突入登陆。我军当先复澎湖，以之为前进基地，再乘涨潮之机，通过鹿耳门入港，从禾寮港登陆，攻取赤嵌城，后取热兰遮城，进而收复台湾全岛。”杨朝栋及大部将领皆赞成此议。
吴豪道：“鹿耳门航道曲折狭窄，暗礁盘结，且潮退时水浅，我军大船不能通行。若是搁浅，必然会遭到荷兰人炮击。”黄廷等人亦不同意从鹿耳门入港。
郑成功权衡之下，决定采纳陈永华的计策。但对吴豪屡次阻止取台甚为恼怒，以不尊军令为由，将他处死。诸将噤若寒蝉，没有人再敢反对取台。
三月初一日，郑成功在金门举行海祭，誓师渡海攻取台湾。万云龙、葛明亦加入了大军，准备随军征台。二十三日，郑成功率领二万五千名将士，乘坐四百余艘舰船，从金门料罗湾出发，次日清晨驶抵澎湖。二十七日，大军继续航行，行至柑桔屿海面时，遭风雨所阻，被迫返回澎湖。三十日晚，郑成功留下三千将士、十二艘战船驻守澎湖，率领大军向台湾岛进发。
四月初一日黎明，郑军船队抵达鹿耳门港外。正值落潮之时，郑成功在亲兵的护卫下，换乘小船，由鹿耳门登上北线尾，勘察地形。又派葛明与万云龙及其五个弟子登岸，联系当地汉人和番人，配合大军登陆。一个多时辰后，郑成功探查清楚，返回中军战舰。热兰遮城与赤嵌城之间有一个内港，称之为台江。台江西南面有七座山屿相连，称之为七鲲鯓。每座山屿相距一里左右，彼此毗连环护。一鲲鯓正北为北线尾岛，其间海面叫大员港。北线尾北侧为鹿耳门港。热兰遮城在台江西侧的一鲲鯓，赤嵌城在台江的东侧，二城互为犄角。
正午之时，海潮大涨，鹿耳门水位涨高五六尺。郑成功大喜，立即令军士鸣炮擂鼓，战船升帆启航，鱼贯前行。何斌坐头船领路，教军士以长竹篙探水，引导郑军船队迂回而进，徐徐通过鹿耳门。郑成功先派兵两千登陆北线尾，驻扎于鹿耳门，架设大炮，以牵制荷军兵船，自率主力船队驶入台江。
面对江上突然出现密布的战船，荷军惊慌失措，急忙派夹板船阻击，并以赤嵌楼炮台发炮拦击。郑成功下令对准炮台发炮，掩护船队前进。江上炮声隆隆，烟雾和水柱笼罩着江面。郑军冒着炮火，突破荷军的拦阻，迅速到达禾寮港。荷军用炮火封锁了码头，而码头旁边却是浅海滩，战船无法驶到岸边。
在郑军上下一筹莫展之时，惊人的场面出现。只见一百多个汉人和番人向岸边跑来，最前方是葛明与万云龙及其五个弟子。众人抬着竹筏，奋力跑到岸边。荷军大惊，疯狂发炮轰击海滩。炮弹落在人群中，炸得肢体纷飞，击碎五片竹筏。人们胆战心惊，卧倒在海滩上。
“大家快把竹筏放到海里！”葛明振臂高呼道。立即与万云龙及其弟子们抬起一片大竹筏，快步跑到海边，推入海水中，派蔡德忠、方大洪撑着竹筏向船队驶去。二人在海中迂回前进，躲过荷军炮弹，驶到战船旁，运送郑军将士登陆。葛明、万云龙指挥岸上的人群爬起来，把竹筏推入海中，纷纷撑筏冲向战船。
郑军战船上的火炮齐向炮台开炮，压制住荷军炮火，掩护将士们登陆。但见空中炮弹飞舞，海面上水柱此起彼伏，竹筏往来穿梭，运送郑军将士及军资到岸上。待郑军大队人马登岸后，这些汉人和番人又车推人抬军资，随郑军浩浩荡荡向前进发。来到赤嵌城前，郑军扎下营寨，控