揆一拒绝投降，妄图以年贡白银十万两为条件，诱使郑军撤出台湾。郑成功严辞拒绝，督师围攻热兰遮城。因荷军城坚炮利，一时难以攻下，郑成功便派马信率兵围困热兰遮城，令其余将士分散各地屯垦。
五月初二日，郑军六镇援军抵达台湾，统船二十艘，将士六千余人。郑成功遂以主力驻扎大员，在所有通向城堡的街道筑起栅栏，并挖了一道壕沟，加强对热兰遮城的围困。
却说荷军战舰逃往巴达维亚报信后，荷兰东印度公司任命雅克布考乌为指挥官，统领十二艘舰船，七百二十五名官兵，于六月初十日出发，七月十八日到达台湾海峡。一个月之后，荷军派遣五艘战舰在热兰遮城附近海面碇泊。其中一艘战舰触礁沉没，舰上士兵被郑军俘虏。二十一日，荷军海陆联合进攻郑军。激战半个时辰，郑军击毁荷舰两艘，俘获小艇三艘，消灭艇长一人、尉官一人、护旗军曹一人和一百二十八名士兵，荷军其余舰船逃往巴达维亚。出城进攻的荷军亦被打得打败，狼狈逃回热兰遮城。
城中粮食匮乏，土气低落，疾病流行，死者已达一千六百多人。郑军则架设巨炮攻城，还断绝了荷军的水源。十月五日，揆一与福建清军联络，妄图攻袭厦门未果。城内荷军处境更加困难，多有士兵出城投降。郑成功因而了解到荷军城防详情，便从船上卸下二十八门大炮，增建三座炮台。
十二月初六日清晨，郑成功下令炮轰乌特利支堡。将士们点燃引线后，炮声接连响起，实心铁炮弹飞过天空，击在城墙上，不多时便打开了缺口。郑军从缺口冲入城内，消灭了荷军，占领了城堡。郑成功下令把火炮搬入城中，架在城墙上，居高临下地向热兰遮城发炮轰击。有的炮弹打穿屋顶，有的炮弹飞入街道，打得荷兰人血肉模糊，城里顿时人心惶惶。揆一见败局已定，慌忙指派评议会出面同郑成功谈判投降事宜。十三日，揆一签字投降，接着率残部近九百人，只携带私人物品和途中必需物品，分乘八艘舰船撤离台湾。
荷兰人撤出台湾后，全岛为之沸腾。各族人民群情激昂，欢歌载舞，庆祝胜利。郑成功喜不自禁，即兴赋诗曰：“开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基。田横尚有三千客，茹苦间关不忍离。”随后改赤嵌城为东都，改热兰遮城为安平镇，在台湾设一府两县。府为承天府，以赤嵌城为府治，县为万年、天兴。两县查验田园册籍，征纳税银，管理地方政务。同时，在澎湖设安抚司，派重兵防守。设置吏、户、礼、兵、刑、工六官，方便施政。
郑成功鼓励百姓垦荒兴农，兴办工商，发展海外贸易，实行轻徭薄赋之政。又亲自率领文武官员拜访土番部落，送去耕牛农具，教耕牛犁耙之法，传授播种五谷割获之方，并免除其徭役。台湾政局稳定下来，郑成功便派船回厦门接运将士家眷迁台。万云龙与其弟子搭船返回长林寺，葛明搭船回到金门。
康熙元年，忽有大批吕宋华人驾船逃奔台湾，诉说西班牙人在马尼拉疯狂屠杀华人。郑成功立即写了封最后通牒的信函，派一名罗马教士作为特使，前往吕宋，递交给当地的西班牙人总督，谴责其屠戮华侨，严令其改邪归正，每年俯首来朝纳贡。但西班牙人不但置之不理，反而变本加厉，又对华侨进行更大规模的屠杀。郑成功闻讯大怒，决定率领舰队南下，挥师讨伐马尼拉，拯救华侨，驱逐西班牙人。##/autl胭脂有毒的最新小说##
在即将出兵之时，接连传来变故，郑成功如遭雷击，征讨马尼拉之事只好作罢。先是留守厦门岛的郑泰、洪旭、黄廷等部将公然抵抗命令，拒不将家眷迁往台湾。接着传来铜山守将蔡禄、郭义投降清军的消息，南澳岛主将陈豹随后亦投降。又收到尚书唐显悦的书信，称其世子郑经与四弟之乳母陈氏私通，生下一子，取名郑克臧。郑成功勃然大怒，命部将赴厦门斩杀郑经，诸将竟然联合抗命。
过了几日，又接连传来噩耗，降将黄梧挖郑氏祖坟；清廷斩杀郑芝龙与其亲族十一人于北京柴市；永历帝朱由榔被缅王献给清军。郑成功受此连番打击，气塞于胸，几近昏厥，又感染伤寒，以至卧病在床。五月初八日，雷震电闪，如同山崩地裂，继而风雨交加。郑成功大喊道：“我无面目见先帝于地下！”抓破脸面而逝，享年三十九岁。
郑成功去世后，台湾诸将奉其幼弟郑袭为招讨大将军，而黄昭、萧拱宸等人拥郑袭为监国延平王，并分兵抵抗郑经入台。远在浙东抗清的张煌言担心郑氏内斗，以使清廷坐收渔翁之利，急忙写信给郑经，建议他尽早继位，并北上抗清。
在厦门的户官郑泰、兵官洪旭等人拥郑经嗣立，即延平王位。郑经即位后，全军发丧，以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫，督造战船，训练士卒，准备以武力收台。期间，大清靖南王耿继茂、总督李率泰遣人前来议抚。郑经提出按朝鲜例，不削发易服，只是纳贡而已。李率泰不敢作主，派人进京请示。
六月十一日，在云南省东南部的一个偏僻之地勐腊，明军将领们齐聚中军大帐，庆祝晋王李定国四十二岁生日。李定国忽感头昏目眩，坐立不住，众人急忙把他扶到床上躺下。此前，李定国屡率大军进入缅甸接驾，数败缅军，无奈永历帝不肯离开缅甸，只得作罢。得知缅王把永历